หลังจากการงอกของเมล็ดเป็นต้นกล้าแล้วจะเกิดการพัฒนาของใบจริง เพื่อทำหน้าที่ ในการสังเคราะห์แสงสำหรับใช้ในการเจริญเติบโตต่อไป จึงเป็นระยะที่สามารถทำการย้ายปลูก ต้นกล้าในพื้นที่ที่เหมาะสม วิธีการย้ายต้นกล้าควรทำด้วยความระมัดระวังอย่าทำให้เกิด การกระทบกระเทือนมากนัก

      เริ่มจากการขุดต้นขึ้นจากวัสดุเพาะแล้ว จับบริเวณใบของต้น ขณะทำการย้ายปลูก ไม่ควรจับบริเวณลำต้นเพราะจะทำให้เป็นอันตรายกับต้นได้ และให้มีส่วน ของวัสดุเพาะติดมากับรากด้วย วางต้นกล้าลงไปในหลุมที่เตรียมไว้ให้รากเหยียดตรงลงไปแล้ว จึงใช้วัสดุกลบลงไปกดเบาๆ ให้วัสดุกระชับและสัมผัสกับรากก่อนทำการรดน้ำให้ชุ่มเพื่อนำ ไปเลี้ยงดูต่อไป

     เมื่อต้นกล้ามีการเจริญเติบโตมากขึ้นต้องทำ การย้ายปลูกอีก ครั้งหนึ่งใส่ในภาชนะปลูกที่มีขนาดใหญ่ขึ้น สามารถทำได้โดย ใช้มือจับภาชนะปลูกแล้ว สอดนิ้วเข้าไปที่ลำต้นให้อยู่ระหว่างนิ้ว คว่ำกระถางลงเพื่อดันก้นกระถางให้ต้นออกมากับดิน จึงย้ายใส่ ในภาชนะปลูกที่มีขนาดใหญ่ขึ้นหรือย้ายปลูกในแปลง

     พืชหลายชนิดมักเพาะเมล็ดในแปลงปลูก เรียกว่า direct seeding นิยมใช้กับพืชที่ไม่ต้องการการย้ายปลูก เช่น ผักบุ้ง แครอท ผักกาดหัว ข้าวโพดหวาน หรือพืชที่ปลูกจำนวนมากจึงไม่สะดวกในการปฏิบัติงาน เช่น ถั่วฝักยาว ดาวกระจาย ผักกวางตุ้ง

     ดังนั้นควรมีการปรับสภาพดินให้เหมาะสมต่อการงอกของเมล็ด โดยเตรียมดินให้มีอนุภาคขนาดเล็ก เหมาะสมกับขนาดของ เมล็ดพืชแต่ละชนิด แยกเอาวัชพืชออกทิ้งไป อาจใช้ปุ๋ยคอก ผสมลงไปในดินเพื่อเพิ่มความอุดมสมบูรณ์ของดินให้ดีขึ้น ก่อนหยอดเมล็ดปลูกลงไป จะต้องมีการจัดการสภาพแวดล้อม ต่างๆ ให้เหมาะสมกับการงอกด้วย เช่น อุณหภูมิ ความชื้น การระบายอากาศ เป็นต้น